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何顺民 研究员 健康大数据研究中心 常务副主任 中国科学院生物物理所 北京市朝阳区大屯路15号 电子邮件(E-mail) heshunmin@ibp.ac.cn 电话(Tel) 010-64887032 传真(Fax) 010-64871293 邮政编码 100101 |
简历 & 研究组工作摘要
何顺民，中科院生物物理所研究员，健康大数据研究中心常务副主任。何顺民博士从2004年开始就从事生物大数据的分析，开发相关算法、软件和数据库20多个，发表SCI论文30多篇，其中以第一作者/通讯作者在Cell Research、Trends in Genetics、Nucleic Acids Research、Bioinformatics、Scientific Reports、Database(Oxford)等国际期刊上发表论文16篇。有PB量级大数据处理分析的经验和能力；擅长基因组数据的分析和变异位点的解读，尤其是针对基因组中97%的非编码区域的变异位点的解读；擅长不同来源数据和多组学数据的整合分析。作为课题负责人承担过“973”、 “863”、精准医学重点研发专项等课题。
2017年5月至今： 中国科学院生物物理研究所，研究员。2009-2017年： 中国科学院动物研究所，先后担任副研究员，创新研究员岗位。研究方向：生物信息学。
2010-2011年：哈佛大学Dana-farber癌症研究所 & 哈佛大学公共卫生学院生物统计系，Xiaole Shirley Liu教授课题组（http://liulab.dfci.harvard.edu/），博士后。
2004-2009年：中国科学院生物物理研究所，生物信息学，博士。导师：陈润生院士。
毕业论文：非编码RNA的功能研究——从转录组到相互作用网络。
2001-2004年：北京NEC电子有限公司，软件工程师。
1997-2001年：南京理工大学，电子工程专业，学士。
代表性论文
代表性论文：(*第一/并列第一作者, #通讯/共同通讯作者)
目前一共发表SCI论文30余篇，完整的文章列表参考Research Gate
(https://www.researchgate.net/profile/Shunmin_He )
1. Yi Zhao*, Shunmin He*, Changning Liu*, Songwei Ru, Haitao Zhao, Zhen Yang, Pengcheng Yang, Xiongyin Yuan, Shiwei Sun, Dongbo Bu, Jiefu Huang, Geir Skogerbo#, Runsheng Chen# (2008). MicroRNA regulation of messenger-like noncoding RNAs: a network of mutual microRNA control. Trends Genet. vol. 24 (7) pp. 323-7;
2. Peng Zhang*, Jun-Yan Kang*, Lan-Tao Gou*, Jiajia Wang, Yuanchao Xue, Geir Skogerboe, Peng Dai, Da-Wei Huang, Runsheng Chen, Xiang-Dong Fu #, Mo-Fang Liu #, Shunmin He#. (2015) MIWI and piRNA-mediated cleavage of messenger RNAs in mouse testes. Cell Research. 25(2): 193-207.
3. Shunmin He*, Changning Liu*, Geir Skogerbo, Haitao Zhao, Jie Wang, Tao Liu, Baoyan Bai, Yi Zhao#, Runsheng Chen# (2008). NONCODE v2.0: decoding the non-coding. Nucleic Acids Res. vol. 36 pp. D170-2.
4. Bao-fa Sun*, Yong-Xing Li*, Ling-Yi Jia, Li-Hua Niu, Robert W. Murphy, Peng Zhang, Shunmin He #, Da-Wei Huang #. (2015) Regulation of transcription factors on sexual dimorphism of fig wasps. Scientific reports. 5: 10696.
5. Shunmin He*, Zhen Yang*, Geir Skogerbo, Fei Ren, Hongliang Cui, Haitao Zhao, Runsheng Chen, Yi Zhao (2008). The properties and functions of virus encoded microRNA, siRNA, and other small noncoding RNAs. Critical Revs. in Microbiology. vol. 34 (3-4) pp. 175-88.
6. Jiao Yuan*, Peng Zhang*, Ya Cui, Jiajia Wang, Geir Skogerbo, Da-Wei Huang, Runsheng Chen#, Shunmin He#. (2016) Computational identification of piRNA targets on mouse mRNAs. Bioinformatics. 32(8),1170-1177
7. Jiajia Wang*, Peng Zhang*, Yiping Lu*, Yanyan Li, Yu Zheng, Yunchao Kan, Runsheng Chen#, Shunmin He#. (2018). piRBase: a comprehensive database of piRNA sequences. Nucleic Acids Research. pii: 5146202. Doi: 10.1093/nar/gky1043.