Schema for ncbiRefSeqLink
  Database: hg38    Primary Table: ncbiRefSeqLink    Row Count: 159,067   Data last updated: 2020-06-30
fieldexampleSQL type info
id NM_000014.5varchar(255) values
status Reviewedvarchar(255) values
name A2Mvarchar(255) values
product alpha-2-macroglobulin, tran...varchar(255) values
mrnaAcc NM_000014.5varchar(255) values
protAcc NP_000005.2varchar(255) values
locusLinkId 2varchar(255) values
omimId 103950varchar(255) values
hgnc 7varchar(255) values
genbank NM_000014.5varchar(255) values
pseudo  varchar(255) values
gbkey mRNAvarchar(255) values
source BestRefSeqvarchar(255) values
gene_biotype protein_codingvarchar(255) values
gene_synonym A2MD,CPAMD5,FWP007,S863-7varchar(255) values
ncrna_class  varchar(255) values
note The RefSeq transcript has 1...longblob  
description The protein encoded by this...longblob  
externalId  varchar(255) values

Connected Tables and Joining Fields
        hg38.ncbiRefSeqCurated.name (via ncbiRefSeqLink.id)
      hg38.ncbiRefSeqPsl.qName (via ncbiRefSeqLink.id)
      hg38.seqNcbiRefSeq.acc (via ncbiRefSeqLink.id)

Sample Rows
 
idstatusnameproductmrnaAccprotAcclocusLinkIdomimIdhgncgenbankpseudogbkeysourcegene_biotypegene_synonymncrna_classnotedescriptionexternalId
NM_000014.5ReviewedA2Malpha-2-macroglobulin, transcript variant 1NM_000014.5NP_000005.221039507NM_000014.5mRNABestRefSeqprotein_codingA2MD,CPAMD5,FWP007,S863-7The RefSeq transcript has 1 substitution compared to this genomic sequenceThe protein encoded by this gene is a protease inhibitor and cytokine transporter. It uses a bait-and-trap mechanism to inhibit ...
NM_000015.3ReviewedNAT2N-acetyltransferase 2NM_000015.3NP_000006.2106121827646NM_000015.3mRNABestRefSeqprotein_codingAAC2,NAT-2,PNATThis gene encodes an enzyme that functions to both activate and deactivate arylamine and hydrazine drugs and carcinogens. Polymo ...
NM_000016.5ReviewedACADMacyl-CoA dehydrogenase medium chain, transcript variant 1NM_000016.5NP_000007.13460700889NM_000016.5mRNABestRefSeqprotein_codingACAD1,MCAD,MCADHisoform a precursor is encoded by transcript variant 1This gene encodes the medium-chain specific (C4 to C12 straight chain) acyl-Coenzyme A dehydrogenase. The homotetramer enzyme ca ...
NM_000017.4ReviewedACADSacyl-CoA dehydrogenase short chain, transcript variant 1NM_000017.4NP_000008.13560688590NM_000017.4mRNABestRefSeqprotein_codingACAD3,SCADisoform 1 precursor is encoded by transcript variant 1This gene encodes a tetrameric mitochondrial flavoprotein, which is a member of the acyl-CoA dehydrogenase family. This enzyme c ...
NM_000018.4ReviewedACADVLacyl-CoA dehydrogenase very long chain, transcript variant 1NM_000018.4NP_000009.13760957592NM_000018.4mRNABestRefSeqprotein_codingACAD6,LCACD,VLCADisoform 1 precursor is encoded by transcript variant 1The protein encoded by this gene is targeted to the inner mitochondrial membrane where it catalyzes the first step of the mitoch ...
NM_000019.4ReviewedACAT1acetyl-CoA acetyltransferase 1NM_000019.4NP_000010.13860780993NM_000019.4mRNABestRefSeqprotein_codingACAT,MAT,T2,THILThis gene encodes a mitochondrially localized enzyme that catalyzes the reversible formation of acetoacetyl-CoA from two molecul ...
NM_000020.3ReviewedACVRL1activin A receptor like type 1, transcript variant 1NM_000020.3NP_000011.294601284175NM_000020.3mRNABestRefSeqprotein_codingACVRLK1,ALK-1,ALK1,HHT,HHT2,ORW2,SKR3,TSR-IThis gene encodes a type I cell-surface receptor for the TGF-beta superfamily of ligands. It shares with other type I receptors ...
NM_000021.4ReviewedPSEN1presenilin 1, transcript variant 1NM_000021.4NP_000012.156631043119508NM_000021.4mRNABestRefSeqprotein_codingACNINV3,AD3,FAD,PS-1,PS1,S182isoform I-467 is encoded by transcript variant 1Alzheimer's disease (AD) patients with an inherited form of the disease carry mutations in the presenilin proteins (PSEN1; PSEN2 ...
NM_000022.4ReviewedADAadenosine deaminase, transcript variant 1NM_000022.4NP_000013.2100608958186NM_000022.4mRNABestRefSeqprotein_codingisoform 1 is encoded by transcript variant 1This gene encodes an enzyme that catalyzes the hydrolysis of adenosine to inosine. Various mutations have been described for thi ...
NM_000023.4ReviewedSGCAsarcoglycan alpha, transcript variant 1NM_000023.4NP_000014.1644260011910805NM_000023.4mRNABestRefSeqprotein_coding50DAG,adhalin,ADL,DAG2,DMDA2,LGMD2D,LGMDR3,SCARMD1isoform 1 precursor is encoded by transcript variant 1This gene encodes a component of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC), which is critical to the stability of muscle fiber m ...

Note: all start coordinates in our database are 0-based, not 1-based. See explanation here.